Khi cha ông Hoài là ông Nguyễn Quốc Vượng qua đời ngày 18 tháng 6 năm 2012, gia đình đã cho chôn cất ở vùng đất thuộc rừng thông của lâm trường Đồng Hới, nằm sát trên trục đường chính vào trại giam Đồng Sơn (Bộ Công an). Ông Hoài được cho là đã gây áp lực để chính quyền địa phương tỉnh Quảng Bình quy hoạch khu vực này thành nghĩa trang Đá Bạc bất chấp sự phản đối từ phía người dân và Bộ Công an.[20][21]

Trong các ngày 16-17 tháng 6 và 23-24 tháng 7 năm 2015, Ủy ban kiểm tra Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam khóa 11 đã họp kỳ thứ 32, 33 để xem xét, kết luận và có hình thức xử lý đối với các tập thể, cá nhân liên quan. Đối với cá nhân Nguyễn Hữu Hoài, với cương vị Phó bí thư Tỉnh ủy, Bí thư Ban cán sự Đảng, Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Bình, Nguyễn Hữu Hoài có trách nhiệm của người đứng đầu đối với các thiếu sót khuyết điểm của Ban cán sự UBND tỉnh. Bên cạnh đó, cá nhân và gia đình đã thiếu thận trọng trong việc an táng thân sinh tại nghĩa địa Đá Bạc khi chưa hoàn thành thủ tục pháp lý.[22]